[BACK]Return to imach.c CVS log [TXT] [DIR] Up to [Local Repository] / imach064 / src

Diff for /imach064/src/imach.c between versions 1.7 and 1.10

version 1.7, 2001/05/02 17:50:24 version 1.10, 2001/05/09 14:25:42
Line 68 Line 68
   
   
 int nvar;  int nvar;
 static int cptcov;  int cptcovn, cptcovage=0, cptcoveff=0,cptcov;
 int cptcovn, cptcovage=0, cptcoveff=0;  
 int npar=NPARMAX;  int npar=NPARMAX;
 int nlstate=2; /* Number of live states */  int nlstate=2; /* Number of live states */
 int ndeath=1; /* Number of dead states */  int ndeath=1; /* Number of dead states */
Line 77  int ncovmodel, ncov;     /* Total number Line 76  int ncovmodel, ncov;     /* Total number
   
 int *wav; /* Number of waves for this individuual 0 is possible */  int *wav; /* Number of waves for this individuual 0 is possible */
 int maxwav; /* Maxim number of waves */  int maxwav; /* Maxim number of waves */
   int jmin, jmax; /* min, max spacing between 2 waves */
 int mle, weightopt;  int mle, weightopt;
 int **mw; /* mw[mi][i] is number of the mi wave for this individual */  int **mw; /* mw[mi][i] is number of the mi wave for this individual */
 int **dh; /* dh[mi][i] is number of steps between mi,mi+1 for this individual */  int **dh; /* dh[mi][i] is number of steps between mi,mi+1 for this individual */
   double jmean; /* Mean space between 2 waves */
 double **oldm, **newm, **savm; /* Working pointers to matrices */  double **oldm, **newm, **savm; /* Working pointers to matrices */
 double **oldms, **newms, **savms; /* Fixed working pointers to matrices */  double **oldms, **newms, **savms; /* Fixed working pointers to matrices */
 FILE *fic,*ficpar, *ficparo,*ficres,  *ficrespl, *ficrespij, *ficrest;  FILE *fic,*ficpar, *ficparo,*ficres,  *ficrespl, *ficrespij, *ficrest;
Line 666  double **prevalim(double **prlim, int nl Line 667  double **prevalim(double **prlim, int nl
         cov[2+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtab[ij][Tvard[k][1]]]*nbcode[Tvard[k][2]][codtab[ij][Tvard[k][2]]];          cov[2+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtab[ij][Tvard[k][1]]]*nbcode[Tvard[k][2]][codtab[ij][Tvard[k][2]]];
   
       /*printf("ij=%d cptcovprod=%d tvar=%d ", ij, cptcovprod, Tvar[1]);*/        /*printf("ij=%d cptcovprod=%d tvar=%d ", ij, cptcovprod, Tvar[1]);*/
   
       /*printf("ij=%d cov[3]=%lf cov[4]=%lf \n",ij, cov[3],cov[4]);*/        /*printf("ij=%d cov[3]=%lf cov[4]=%lf \n",ij, cov[3],cov[4]);*/
   
     out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm);      out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm);
Line 841  double func( double *x) Line 841  double func( double *x)
   /* We are differentiating ll according to initial status */    /* We are differentiating ll according to initial status */
   /*  for (i=1;i<=npar;i++) printf("%f ", x[i]);*/    /*  for (i=1;i<=npar;i++) printf("%f ", x[i]);*/
   /*for(i=1;i<imx;i++)    /*for(i=1;i<imx;i++)
 printf(" %d\n",s[4][i]);      printf(" %d\n",s[4][i]);
   */    */
   cov[1]=1.;    cov[1]=1.;
   
   for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;    for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;
   for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){    for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
     for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+k]=covar[Tvar[k]][i];      for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+k]=covar[Tvar[k]][i];
        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){      for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
       for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)        for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);          for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
             for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){        for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){
               newm=savm;          newm=savm;
               cov[2]=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;          cov[2]=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
               for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {          for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                  cov[Tage[kk]+2]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*cov[2];            cov[Tage[kk]+2]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*cov[2];
                  /*printf("%d %d",kk,Tage[kk]);*/          }
               }         
               /*cov[4]=covar[1][i]*cov[2];scanf("%d", i);*/          out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
               /*cov[3]=pow(cov[2],2)/1000.;*/                       1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
           savm=oldm;
           out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,          oldm=newm;
                        1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));         
           savm=oldm;         
           oldm=newm;  
   
   
       } /* end mult */        } /* end mult */
           
       lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);        lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);
       /* printf(" %f ",out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);*/        /* printf(" %f ",out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);*/
       ipmx +=1;        ipmx +=1;
Line 1175  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1172  void  freqsummary(char fileres[], int ag
   for(k1=1; k1<=j;k1++){    for(k1=1; k1<=j;k1++){
    for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){     for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){
        j1++;         j1++;
          /*printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d", cptcoveff,Tvaraff[1]);
            scanf("%d", i);*/
         for (i=-1; i<=nlstate+ndeath; i++)            for (i=-1; i<=nlstate+ndeath; i++)  
          for (jk=-1; jk<=nlstate+ndeath; jk++)             for (jk=-1; jk<=nlstate+ndeath; jk++)  
            for(m=agemin; m <= agemax+3; m++)             for(m=agemin; m <= agemax+3; m++)
Line 1185  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1183  void  freqsummary(char fileres[], int ag
          bool=1;           bool=1;
          if  (cptcovn>0) {           if  (cptcovn>0) {
            for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++)             for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++)
              if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]]) bool=0;               if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]])
                  bool=0;
          }           }
           if (bool==1) {            if (bool==1) {
            for(m=firstpass; m<=lastpass-1; m++){             for(m=firstpass; m<=lastpass-1; m++){
Line 1199  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1198  void  freqsummary(char fileres[], int ag
         if  (cptcovn>0) {          if  (cptcovn>0) {
          fprintf(ficresp, "\n#********** Variable ");           fprintf(ficresp, "\n#********** Variable ");
          for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]]);           for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]]);
        }  
        fprintf(ficresp, "**********\n#");         fprintf(ficresp, "**********\n#");
           }
        for(i=1; i<=nlstate;i++)         for(i=1; i<=nlstate;i++)
          fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);           fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);
        fprintf(ficresp, "\n");         fprintf(ficresp, "\n");
Line 1268  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 1267  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
      */       */
   
   int i, mi, m;    int i, mi, m;
   int j, k=0,jk, ju, jl,jmin=1e+5, jmax=-1;    /* int j, k=0,jk, ju, jl,jmin=1e+5, jmax=-1;
 float sum=0.;       double sum=0., jmean=0.;*/
   
   int j, k=0,jk, ju, jl;
        double sum=0.;
   jmin=1e+5;
    jmax=-1;
   jmean=0.;
   for(i=1; i<=imx; i++){    for(i=1; i<=imx; i++){
     mi=0;      mi=0;
     m=firstpass;      m=firstpass;
Line 1300  float sum=0.; Line 1304  float sum=0.;
         dh[mi][i]=1;          dh[mi][i]=1;
       else{        else{
         if (s[mw[mi+1][i]][i] > nlstate) {          if (s[mw[mi+1][i]][i] > nlstate) {
             if (agedc[i] < 2*AGESUP) {
           j= rint(agedc[i]*12-agev[mw[mi][i]][i]*12);            j= rint(agedc[i]*12-agev[mw[mi][i]][i]*12);
           if(j=0) j=1;  /* Survives at least one month after exam */            if(j==0) j=1;  /* Survives at least one month after exam */
             k=k+1;
             if (j >= jmax) jmax=j;
             else if (j <= jmin)jmin=j;
             sum=sum+j;
             if (j<0) printf("j=%d num=%d ",j,i);
             }
         }          }
         else{          else{
           j= rint( (agev[mw[mi+1][i]][i]*12 - agev[mw[mi][i]][i]*12));            j= rint( (agev[mw[mi+1][i]][i]*12 - agev[mw[mi][i]][i]*12));
Line 1322  float sum=0.; Line 1333  float sum=0.;
       }        }
     }      }
   }    }
   printf("Delay (in months) between two waves Min=%d Max=%d Mean=%f\n\n ",jmin, jmax,sum/k);    jmean=sum/k;
     printf("Delay (in months) between two waves Min=%d Max=%d Mean=%f\n\n ",jmin, jmax,jmean);
 }  }
 /*********** Tricode ****************************/  /*********** Tricode ****************************/
 void tricode(int *Tvar, int **nbcode, int imx)  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, int imx)
Line 1338  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in Line 1350  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in
     for (i=1; i<=imx; i++) {      for (i=1; i<=imx; i++) {
       ij=(int)(covar[Tvar[j]][i]);        ij=(int)(covar[Tvar[j]][i]);
       Ndum[ij]++;        Ndum[ij]++;
         /*printf("i=%d ij=%d Ndum[ij]=%d imx=%d",i,ij,Ndum[ij],imx);*/
       if (ij > cptcode) cptcode=ij;        if (ij > cptcode) cptcode=ij;
     }      }
   
     /*printf("cptcode=%d cptcovn=%d ",cptcode,cptcovn);*/  
     for (i=0; i<=cptcode; i++) {      for (i=0; i<=cptcode; i++) {
       if(Ndum[i]!=0) ncodemax[j]++;        if(Ndum[i]!=0) ncodemax[j]++;
     }      }
     ij=1;      ij=1;
   
   
     for (i=1; i<=ncodemax[j]; i++) {      for (i=1; i<=ncodemax[j]; i++) {
       for (k=0; k<=19; k++) {        for (k=0; k<=19; k++) {
         if (Ndum[k] != 0) {          if (Ndum[k] != 0) {
           nbcode[Tvar[j]][ij]=k;            nbcode[Tvar[j]][ij]=k;
           /*   printf("ij=%d ",nbcode[Tvar[2]][1]);*/  
           ij++;            ij++;
         }          }
         if (ij > ncodemax[j]) break;          if (ij > ncodemax[j]) break;
       }          }  
     }      }
   }      }  
  for (i=1; i<=10; i++) {  
    for (k=0; k<19; k++) Ndum[k]=0;
   
    for (i=1; i<=ncovmodel; i++) {
       ij=Tvar[i];        ij=Tvar[i];
       Ndum[ij]++;        Ndum[ij]++;
     }      }
   
  ij=1;   ij=1;
  for (i=1; i<=cptcovn; i++) {   for (i=1; i<=10; i++) {
    if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncov)){     if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncov)){
      Tvaraff[i]=ij;       Tvaraff[ij]=i;
    ij++;       ij++;
    }     }
  }   }
     
  for (j=1; j<=(cptcovn+2*cptcovprod); j++) {      cptcoveff=ij-1;
    if ((Tvar[j]>= cptcoveff) && (Tvar[j] <=ncov)) cptcoveff=Tvar[j];  
    /*printf("j=%d %d\n",j,Tvar[j]);*/  
  }  
    
  /* printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d %d\n",cptcoveff, Tvaraff[1],Tvaraff[2]);  
     scanf("%d",i);*/  
 }  }
   
 /*********** Health Expectancies ****************/  /*********** Health Expectancies ****************/
Line 1630  void varprevlim(char fileres[], double * Line 1640  void varprevlim(char fileres[], double *
 int main()  int main()
 {  {
   
   int i,j, k, n=MAXN,iter,m,size,cptcode, aaa, cptcod;    int i,j, k, n=MAXN,iter,m,size,cptcode, cptcod;
   double agedeb, agefin,hf;    double agedeb, agefin,hf;
   double agemin=1.e20, agemax=-1.e20;    double agemin=1.e20, agemax=-1.e20;
   
Line 1642  int main() Line 1652  int main()
   int *indx;    int *indx;
   char line[MAXLINE], linepar[MAXLINE];    char line[MAXLINE], linepar[MAXLINE];
   char title[MAXLINE];    char title[MAXLINE];
   char optionfile[FILENAMELENGTH], datafile[FILENAMELENGTH],  filerespl[FILENAMELENGTH];    char optionfile[FILENAMELENGTH], datafile[FILENAMELENGTH],  filerespl[FILENAMELENGTH], optionfilehtm[FILENAMELENGTH];
   char fileres[FILENAMELENGTH], filerespij[FILENAMELENGTH], filereso[FILENAMELENGTH];    char fileres[FILENAMELENGTH], filerespij[FILENAMELENGTH], filereso[FILENAMELENGTH];
   char filerest[FILENAMELENGTH];    char filerest[FILENAMELENGTH];
   char fileregp[FILENAMELENGTH];    char fileregp[FILENAMELENGTH];
Line 1667  int main() Line 1677  int main()
   double ***eij, ***vareij;    double ***eij, ***vareij;
   double **varpl; /* Variances of prevalence limits by age */    double **varpl; /* Variances of prevalence limits by age */
   double *epj, vepp;    double *epj, vepp;
   char version[80]="Imach version 62c, May 1999, INED-EUROREVES ";    char version[80]="Imach version 64b, May 2001, INED-EUROREVES ";
   char *alph[]={"a","a","b","c","d","e"}, str[4];    char *alph[]={"a","a","b","c","d","e"}, str[4];
   
   char z[1]="c", occ;    char z[1]="c", occ;
Line 1680  int main() Line 1690  int main()
   gettimeofday(&start_time, (struct timezone*)0); */ /* at first time */    gettimeofday(&start_time, (struct timezone*)0); */ /* at first time */
   
   
   printf("\nIMACH, Version 0.64a");    printf("\nIMACH, Version 0.64b");
   printf("\nEnter the parameter file name: ");    printf("\nEnter the parameter file name: ");
   
 #ifdef windows  #ifdef windows
Line 1729  split(pathtot, path,optionfile); Line 1739  split(pathtot, path,optionfile);
   printf("title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol, stepm, ncov, nlstate,ndeath, maxwav, mle, weightopt,model);    printf("title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol, stepm, ncov, nlstate,ndeath, maxwav, mle, weightopt,model);
   fprintf(ficparo,"title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol,stepm,ncov,nlstate,ndeath,maxwav, mle, weightopt,model);    fprintf(ficparo,"title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol,stepm,ncov,nlstate,ndeath,maxwav, mle, weightopt,model);
   
   covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);        covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);
   if (strlen(model)<=1) cptcovn=0;    cptcovn=0;
   else {    if (strlen(model)>1) cptcovn=nbocc(model,'+')+1;
     j=0;  
     j=nbocc(model,'+');  
     cptcovn=j+1;  
   }  
   
   ncovmodel=2+cptcovn;    ncovmodel=2+cptcovn;
   nvar=ncovmodel-1; /* Suppressing age as a basic covariate */    nvar=ncovmodel-1; /* Suppressing age as a basic covariate */
Line 1902  split(pathtot, path,optionfile); Line 1908  split(pathtot, path,optionfile);
     cptcovn=j+1;      cptcovn=j+1;
     cptcovprod=j1;      cptcovprod=j1;
         
      
     strcpy(modelsav,model);      strcpy(modelsav,model);
    if (j==0) {      if ((strcmp(model,"age")==0) || (strcmp(model,"age*age")==0)){
       if (j1==0){        printf("Error. Non available option model=%s ",model);
         cutv(stra,strb,modelsav,'V');        goto end;
         Tvar[1]=atoi(strb);      }
       }     
       else if (j1==1) {      for(i=(j+1); i>=1;i--){
         cutv(stra,strb,modelsav,'*');        cutv(stra,strb,modelsav,'+');
         Tage[1]=1; cptcovage++;        if (nbocc(modelsav,'+')==0) strcpy(strb,modelsav);
         if (strcmp(stra,"age")==0) {        /*      printf("i=%d a=%s b=%s sav=%s\n",i, stra,strb,modelsav);*/
         /*scanf("%d",i);*/
         if (strchr(strb,'*')) {
           cutv(strd,strc,strb,'*');
           if (strcmp(strc,"age")==0) {
           cptcovprod--;            cptcovprod--;
           cutv(strd,strc,strb,'V');            cutv(strb,stre,strd,'V');
           Tvar[1]=atoi(strc);            Tvar[i]=atoi(stre);
             cptcovage++;
               Tage[cptcovage]=i;
               /*printf("stre=%s ", stre);*/
         }          }
         else if (strcmp(strb,"age")==0) {          else if (strcmp(strd,"age")==0) {
           cptcovprod--;            cptcovprod--;
           cutv(strd,strc,stra,'V');            cutv(strb,stre,strc,'V');
           Tvar[1]=atoi(strc);            Tvar[i]=atoi(stre);
             cptcovage++;
             Tage[cptcovage]=i;
         }          }
         else {          else {
           cutv(strd,strc,strb,'V');            cutv(strb,stre,strc,'V');
           cutv(stre,strd,stra,'V');            Tvar[i]=ncov+k1;
           Tvar[1]=ncov+1;            cutv(strb,strc,strd,'V');
             Tprod[k1]=i;
             Tvard[k1][1]=atoi(strc);
             Tvard[k1][2]=atoi(stre);
             Tvar[cptcovn+k2]=Tvard[k1][1];
             Tvar[cptcovn+k2+1]=Tvard[k1][2];
           for (k=1; k<=lastobs;k++)            for (k=1; k<=lastobs;k++)
               covar[ncov+1][k]=covar[atoi(strc)][k]*covar[atoi(strd)][k];              covar[ncov+k1][k]=covar[atoi(stre)][k]*covar[atoi(strc)][k];
             k1++;
             k2=k2+2;
         }          }
         /*printf("%s %s %s\n", stra,strb,modelsav);  
 printf("%d ",Tvar[1]);  
 scanf("%d",i);*/  
       }  
     }  
    else {  
       for(i=j; i>=1;i--){  
         cutv(stra,strb,modelsav,'+');  
         /*printf("%s %s %s\n", stra,strb,modelsav);  
           scanf("%d",i);*/  
         if (strchr(strb,'*')) {  
           cutv(strd,strc,strb,'*');  
           if (strcmp(strc,"age")==0) {  
             cptcovprod--;  
             cutv(strb,stre,strd,'V');  
             Tvar[i+1]=atoi(stre);  
             cptcovage++;  
             Tage[cptcovage]=i+1;  
             printf("stre=%s ", stre);  
           }  
           else if (strcmp(strd,"age")==0) {  
             cptcovprod--;  
             cutv(strb,stre,strc,'V');  
             Tvar[i+1]=atoi(stre);  
             cptcovage++;  
             Tage[cptcovage]=i+1;  
           }  
           else {  
             cutv(strb,stre,strc,'V');  
             Tvar[i+1]=ncov+k1;  
             cutv(strb,strc,strd,'V');  
             Tprod[k1]=i+1;  
             Tvard[k1][1]=atoi(strc);  
             Tvard[k1][2]=atoi(stre);  
             Tvar[cptcovn+k2]=Tvard[k1][1];  
             Tvar[cptcovn+k2+1]=Tvard[k1][2];  
             for (k=1; k<=lastobs;k++)  
               covar[ncov+k1][k]=covar[atoi(stre)][k]*covar[atoi(strc)][k];  
             k1++;  
             k2=k2+2;  
           }  
         }  
         else {  
           cutv(strd,strc,strb,'V');  
           /* printf("%s %s %s", strd,strc,strb);*/  
           Tvar[i+1]=atoi(strc);  
         }  
         strcpy(modelsav,stra);    
       }        }
       cutv(strd,strc,stra,'V');        else {
       Tvar[1]=atoi(strc);          /*printf("d=%s c=%s b=%s\n", strd,strc,strb);*/
          /*  scanf("%d",i);*/
         cutv(strd,strc,strb,'V');
         Tvar[i]=atoi(strc);
         }
         strcpy(modelsav,stra);  
         /*printf("a=%s b=%s sav=%s\n", stra,strb,modelsav);
           scanf("%d",i);*/
     }      }
   }  }
   /* for (i=1; i<=5; i++)   
      printf("i=%d %d ",i,Tvar[i]);*/    /*printf("tvar1=%d tvar2=%d tvar3=%d cptcovage=%d Tage=%d",Tvar[1],Tvar[2],Tvar[3],cptcovage,Tage[1]);
   /* printf("tvar=%d %d cptcovage=%d %d",Tvar[1],Tvar[2],cptcovage,Tage[1]);*/    printf("cptcovprod=%d ", cptcovprod);
  /*printf("cptcovprod=%d ", cptcovprod);*/    scanf("%d ",i);*/
   /*  scanf("%d ",i);*/  
     fclose(fic);      fclose(fic);
   
     /*  if(mle==1){*/      /*  if(mle==1){*/
Line 2003  scanf("%d",i);*/ Line 1984  scanf("%d",i);*/
             if(agedc[i]>0)              if(agedc[i]>0)
               if(moisdc[i]!=99 && andc[i]!=9999)                if(moisdc[i]!=99 && andc[i]!=9999)
               agev[m][i]=agedc[i];                agev[m][i]=agedc[i];
             else{              else {
                 if (andc[i]!=9999){
               printf("Warning negative age at death: %d line:%d\n",num[i],i);                printf("Warning negative age at death: %d line:%d\n",num[i],i);
               agev[m][i]=-1;                agev[m][i]=-1;
                 }
             }              }
           }            }
           else if(s[m][i] !=9){ /* Should no more exist */            else if(s[m][i] !=9){ /* Should no more exist */
Line 2063  printf("Total number of individuals= %d, Line 2046  printf("Total number of individuals= %d,
   
   
       Tcode=ivector(1,100);        Tcode=ivector(1,100);
       nbcode=imatrix(1,nvar,1,8);        nbcode=imatrix(0,NCOVMAX,0,NCOVMAX);
       ncodemax[1]=1;        ncodemax[1]=1;
       if (cptcovn > 0) tricode(Tvar,nbcode,imx);        if (cptcovn > 0) tricode(Tvar,nbcode,imx);
             
Line 2392  chdir(path); Line 2375  chdir(path);
   fprintf(ficparo,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f\n",agemin,agemax,bage,fage);    fprintf(ficparo,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f\n",agemin,agemax,bage,fage);
 /*--------- index.htm --------*/  /*--------- index.htm --------*/
   
   if((fichtm=fopen("index.htm","w"))==NULL)    {    strcpy(optionfilehtm,optionfile);
     printf("Problem with index.htm \n");goto end;    strcat(optionfilehtm,".htm");
     if((fichtm=fopen(optionfilehtm,"w"))==NULL)    {
       printf("Problem with %s \n",optionfilehtm);goto end;
   }    }
   
  fprintf(fichtm,"<body><ul> Imach, Version 0.64a<hr> <li>Outputs files<br><br>\n   fprintf(fichtm,"<body><ul> <font size=\"6\">Imach, Version 0.64b </font> <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">
   Titre=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=%s<br>
   Total number of observations=%d <br>
   Interval (in months) between two waves: Min=%d Max=%d Mean=%.2lf<br>
   <hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">
   <li>Outputs files<br><br>\n
         - Observed prevalence in each state: <a href=\"p%s\">p%s</a> <br>\n          - Observed prevalence in each state: <a href=\"p%s\">p%s</a> <br>\n
 - Estimated parameters and the covariance matrix: <a href=\"%s\">%s</a> <br>  - Estimated parameters and the covariance matrix: <a href=\"%s\">%s</a> <br>
         - Stationary prevalence in each state: <a href=\"pl%s\">pl%s</a> <br>          - Stationary prevalence in each state: <a href=\"pl%s\">pl%s</a> <br>
Line 2405  chdir(path); Line 2395  chdir(path);
         - Life expectancies by age and initial health status: <a href=\"e%s\">e%s</a> <br>          - Life expectancies by age and initial health status: <a href=\"e%s\">e%s</a> <br>
         - Variances of life expectancies by age and initial health status: <a href=\"v%s\">v%s</a><br>          - Variances of life expectancies by age and initial health status: <a href=\"v%s\">v%s</a><br>
         - Health expectancies with their variances: <a href=\"t%s\">t%s</a> <br>          - Health expectancies with their variances: <a href=\"t%s\">t%s</a> <br>
         - Standard deviation of stationary prevalences: <a href=\"vpl%s\">vpl%s</a> <br><br>",fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres);          - Standard deviation of stationary prevalences: <a href=\"vpl%s\">vpl%s</a> <br><br>",title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt,model,imx,jmin,jmax,jmean,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres);
   
  fprintf(fichtm," <li>Graphs</li>\n<p>");   fprintf(fichtm," <li>Graphs</li><p>");
   
  m=cptcoveff;   m=cptcoveff;
  if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}   if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}
Line 2417  chdir(path); Line 2407  chdir(path);
    for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){     for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){
        j1++;         j1++;
        if (cptcovn > 0) {         if (cptcovn > 0) {
          fprintf(fichtm,"<hr>************ Results for covariates");           fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");
          for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++)           for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++)
            fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtab[j1][cpt]]);             fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtab[j1][cpt]]);
          fprintf(fichtm," ************\n<hr>");           fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
        }         }
        fprintf(fichtm,"<br>- Probabilities: pe%s%d.gif<br>         fprintf(fichtm,"<br>- Probabilities: pe%s%d.gif<br>
 <img src=\"pe%s%d.gif\">",strtok(optionfile, "."),j1,strtok(optionfile, "."),j1);      <img src=\"pe%s%d.gif\">",strtok(optionfile, "."),j1,strtok(optionfile, "."),j1);    
Line 2680  strcpy(fileresvpl,"vpl"); Line 2670  strcpy(fileresvpl,"vpl");
 #ifdef windows  #ifdef windows
  chdir(pathcd);   chdir(pathcd);
 #endif  #endif
  system("wgnuplot graph.plt");   /*system("wgnuplot graph.plt");*/
    system("../gp37mgw/wgnuplot graph.plt");
   
 #ifdef windows  #ifdef windows
   while (z[0] != 'q') {    while (z[0] != 'q') {
Line 2690  strcpy(fileresvpl,"vpl"); Line 2681  strcpy(fileresvpl,"vpl");
     if (z[0] == 'c') system("./imach");      if (z[0] == 'c') system("./imach");
     else if (z[0] == 'e') {      else if (z[0] == 'e') {
       chdir(path);        chdir(path);
       system("index.htm");        system(optionfilehtm);
     }      }
     else if (z[0] == 'q') exit(0);      else if (z[0] == 'q') exit(0);
   }    }
Removed from v.1.7  
changed lines
  Added in v.1.10

FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>