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Duree d'incubation du sida pediatrique, Seminaire Visser et , questions


La liste demodyn-live@sauvy.ined.fr permet lorsqu'on écoute le 
séminaire en différé sur la Toile d'avoir accès aux courriers email s'y 
référant. On peut ainsi poursuivre le débat jusqu'à la prochaine 
séance de séminaire (après ce délai, on doit continuer en privé).

L'adresse URL où on trouve ces courriers est 
http://sauvy.ined.fr/seminaires/demodynlive/Numero et Numero vaut 5356
pour le séminaire de jeudi dernier. Si on passe 
par le menu standard de l'écoute en différé, 
on est obligé de s'identifier un minimum et accède alors directement à cette 
liste. C'est encore un peu expérimental, mais peut valoir le coup pour 
prolonger des débats scientifiques survenus lors d'un séminaire.

Je transmet donc ci-après ma réponse à Laurent Toulemon (lequel répondait à
mon précédent message qu'on trouve également sur la Toile) à propos du débat 
survenu lors de la séance de Michael Visser 
(http://sauvy.ined.fr/seminaires/demodynamiques/visser.html).

En effet, il s'agit de la mesure de la durée d'incubation du sida 
pédiatrique et M. Visser trouve une médiane très importante de 80 mois. 
Or il semble bien (du moins la discussion vient de là) qu'il y aurait des 
biais dans ses estimations (article de Biometrika) et qu'ainsi cette 
durée serait encore plus grande (comme pour nos anciens articles sur les 
transfusés). En particulier, selon nous, le diagramme de Lexis permet de 
bien comprendre les phénomènes de cohortes alors que les épidémiologistes 
ont toujours quelques difficultés. Je ne veux pas lancer de flammes sur 
ce sujet ici, mais pourquoi pas sur demodyn-live.

C'est un peu notre travail que d'essayer d'animer ce séminaire avec les
moyens modernes de communication et c'est pourquoi je retransmet ce
message à la liste des inscrits au séminaire démodynamiques. 


On Fri, 16 May 1997, Laurent toulemon wrote:

> Date: Fri, 16 May 1997 08:23:33 +0100
> From: Laurent toulemon <toulemon@ined.fr>
> To: Nicolas Brouard <brouard@ined.fr>
> Cc: Festy@pakdis.ined.fr, visser@ivry.inra.fr, brouard@pakdis.ined.fr
> Subject: Re: Seminaire et questions
>
> > Nicolas Brouard wrote:
> >Patrick Festy a posé une question à laquelle nous n'avons pas réellement
> >bien répondue.
> Je propose trois points
> 
> 1) Si des enfants sont diagnostiqués après la durée maximale d'observation
> d, on prolongera la courbe de la figure 1 (la FORME de la fonction de
> survie ou des événements ne sont pas modifiées entre 0 et d, mais les
> quotients (hazards) ne peuvent être estimés pour la population générale
Oui, ils seront surestimés.

 
> 2) Les enfants qui ont une durée courte d'observation ont plus de chances
> d'être observés, si on s'intéresse à tous les enfants nés après 1977 et
> dépistés avant fin 1990. Je crois qu'il n'y a pas de biais ici, si on
> considère TOUS les cas de diagnostiqués durant la période considérée (ou un
> échantillon non biaisé pour la durée), sous l'hypothèse d'une population
> stationnaire
Oui c'est la même chose. Tout dépend de l'importance de la truncature
de l'échantillon initial par ce T_end.
 
> 3) Il y a un biais d'obsevation si la population n'est pas stationnaire.
Cela dépend de la méthode.
> Admettons par exemple que le nombre d'enfants infectés augmente avec la
> génération de naissance (non stationnarité), et que tous les enfants
> infectés meurent avant d (point 1 résolu). Dans ce cas, la fonction de
> survie surestime les décès, car pour chaque durée x, on n'observe pas tous
> les enfants qui serontdiagnostiqués avant d, mais ceux qui ont été
> diagnostiqués avant la fin décembre 1990. C'est comme la fonction de décès
> d'une population croissante, qui surestime la mortalité et sous-estime
> l'espérance de vie.

Il faut donc raisonner en cohorte d'enfants ou cohorte de transfusés et
non aggréger les cohortes. C'est ce que nous faisions dans nos deux
articles: on cherche la distribution optimale sur une seule cohorte (assez
fine, car le taux de croissance de l'épidémie était de l'ordre de 70% par
an) puis aggrège les vraisemblances de chacune des cohortes qui elles sont
indépendantes. C'est ce que je disais dans mon précédent commentaire en ne
voulant pas compliquer avec la croissance. Le grand Cox proposait à cette
époque de tenir compte de la croissance en la paramétrant par une
exponentielle et donc en pondérant les observations (les cohortes) et
d'estimer la croissance elle-même dans le modèle générale. Nous nous
préférions prendre des cohortes indépendantes et une loi à deux
paramètres. 


> Finalement, j'ai donc peur que Festy ait raison ! Pour le vérifier, il
> faudrait avoir le nombre d'enfants observés par année de naissance.
On l'a, c'est comme l'année de la transfusion, mais on ne sait pas combien 
d'enfant ont été infectés  chaque mois (seulement qui ont déclaré un sida 
avant 1990).

En tout cas, c'est exactement le même problème que pour les transfusés: la 
croissance est forte et la troncature massive, il faut donc faire 
extrêmement attention dans les modèles.

Ce qui est surprenant, c'est que tous ces biais devraient raccourcir 
cette durée d'incubation pédiatrique alors que Visser prouve déjà qu'elle 
est très longue et presqu'aussi longue que pour les adultes, soit dix ans!
 


> 
> Bien entendu, le raisonement ci-dessus suppose que la mortalité est
> stationnaire (il n'y a pas de modification de la vraie fonction de survie).
> 
> --
> Laurent Toulemon
> Institut national d'etudes demographiques      Tel +33 1 42 18 20 78
> 27, rue du Commandeur                          Fax +33 1 42 18 21 92
> F-75675 Paris Cedex 14   France                toulemon@ined.fr
> 
> 
> 

--
Nicolas Brouard
Institut national d'études démographiques
Paris
brouard@ined.fr,http://sauvy.ined.fr/~brouard